お薦めのデータ形式は何ですか？

入稿トラブルを防ぐならPDFx-4がお薦めです
PDF入稿なら、入稿データはPDFだけでOKです。リンク切れや未アウトラインなどの防止になります。その上、ファイルはPDFだけなので、リンク画像もなくなり 軽くとスムーズな入稿が行えます。